The birds are flying now. - The bird is flying now.
или
Itis flying now. - потому что птицы и животные в единственном числе обозначаются местоимением it.
Но Вы можете написать:
She is flying now. - если птичка, о которой Вы спрашиваете, из сказки, потому что в сказках мы как бы "оживляем" сказочные персонажи животных и птиц и говорим о них, как и о людях - в единственном числе: he или she.