В 1523 году стал игуменом Лужецкого Богородицкого монастыря в Можайске. В 1526 году Макарий был рукоположён во архиепископа Новгородского и Псковского. Новгородская кафедра к этому времени вдовствовала 17 лет. Многолетнее отсутствие епархиального владыки не лучшим образом сказалось на состоянии её дел. Необходимые меры были направлены на реализацию решений соборов 1503—1504 годов. Было запрещено совместное проживание в монастыре иноков и инокинь. В женских монастырях игумены были заменены на игумений. Служить в женских монастырях было предписано белым священникам. Светские лица, проживавшие при монастырях, оттуда были удалены. Будучи последовательным сторонником сильного монастырского хозяйства, новый архиепископ приложил немалые усилия для перевода новгородских монастырей на общежительный устав. Ещё в 1528 году в епархии из 24 монастырей общежительными были только четыре, остальные — особножительными. Святитель Макарий, действуя убеждением на игуменов монастырей, добился, что к концу его служения в новгородской епархии число киновий достигло восемнадцати.
Макарий способствовал составлению нового Владычного летописного свода. Много внимания владыка уделял реставрации старинных икон и храмов, в Софийском соборе были поновлены фрески. Здесь же, в Новгороде, была предпринята первая попытка собрать воедино все книги «в русской земле чтомые», первая редакция знаменитых «Макарьевских миней». В свод входили как жития святых, так и дидактические и богословские произведения. В 1541 году все 12 томов свода были переданы в библиотеку Софийского собора.
Возведён на митрополичий престол 19 марта 1542 года боярской группировкой князей Шуйских, правившей при малолетнем Иване Грозном. В этом сане Макарий сменил низложенного Шуйскими митрополита Иоасафа. Однако вскоре он, как и его предшественник Иоасаф, стал выступать против Шуйских. Обладая значительным влиянием на юного царя, он способствовал отстранению Шуйских от власти, которое произошло в декабре 1543 года. После этого Макарий оказывал большое влияние на политику Ивана Грозного, входя в так называемую «Избранную раду». Он венчал Ивана Грозного на царство (1547 год), способствовал его браку с Анастасией