Над селом - существительное в Творительном падеже (кем? чем?).
Начальная форма: село (Именительный падеж, кто? что?)
В доме - существительное в Предложном падеже (в ком? в чем?) / обстоятельство (где?)
Начальная форма: дом (Именительный падеж, кто? что?)
Под крышей - существительное в Творительном падеже (под кем? под чем?)
Начальная форма: крыша (Именительный падеж, кто? что?)