Обычно выделяют три подтипа хордовых (иногда четыре). Высшим[источник не указан 559 дней подтипом являются позвоночные, к которым принадлежит порядка 95 % всех видов хордовых. Из низших хордовых выделяют бесчерепных и оболочников. Наиболее древний и самый примитивный[источник не указан 559 дней подтип, представители которого занимают промежуточное положение между беспозвоночными и хордовыми животными, выделяют в отдельный тип животных — полухордовые (Hemichordata).
Ниже перечислены три общепризнанных подтипа хордовых вместе с входящими в них классами и подклассами[14].