Восстановленный в 1919 году в Вильне университет носил имя Стефана Батория (Университет Стефана Батория). Именем Батория называется улица в Вильнюсе, ведущая от центра города в направлении Полоцка, и одна из улиц в центре Гродно.
В 1994 году в Большом дворе ансамбля Вильнюсского университета была установлена мемориальная таблица в память короля польского и великого князя литовского Стефана Батория, основателя Виленской академии и Университета Общества Иисуса, с надписью на латинском языке из польского хрониста XVI века Мартина Кромера.
Упоминание в художественной литературе
В сказочной повести Гоголя «Страшная месть» Стефан Баторий упоминается как «король Степан», которому служат казаки Иван и Петро. Король Степан ведёт войну с турками, которые вторглись в пределы его государства и для перелома в войне необходимо выкрасть одного пашу, видного военачальника. За это Степан обещает награду. Ивану удаётся выкрасть пашу и привести того к королю, Степан награждает Ивана.