Евгений Иванович Чарушин родился 29 октября (11 ноября) 1901 года в Вятке, в семье Ивана Аполлоновича Чарушина, главного губернского архитектора, оказавшего влияние на застройку многих городов Прикамья и Предуралья. С детства рисовал, обучаемый отцом. С этого же времени на протяжении всей жизни был дружен с родившимся в Вятке художником Ю. А. Васнецовым.
В 1918 году закончил среднюю школу и был призван в Красную Армию. Работал помощником декоратора в культпросвете Политотдела штаба Красной Армии Восточного фронта.
В 1922 году по окончании службы, пришедшейся на гражданскую войну, вернулся в Вятку. Учился в декоративных мастерских Вятского губвоенкомата.
Осенью 1922 года переехал в Петроград, поступил на живописный факультет в Петербургской Академии художеств (ВХУТЕИН), где занимался пять лет, у педагогов А. Е. Карева, А. И. Савинова.