Скорее всего тут два фактора:
- высокое, отдельно стоящее дерево
- растет в регионах, где часто идут грозовые дожди.
Перун - языческий бог, атрибутами которого были гром и молния. Соответственно, дубы, как деревья чаще других подверженные ударам молнии ассоциировались с Перуном.