Амёба была впервые обнаружена в 1757 году Августом Иоганном Рёзель фон Розенгофом[3][4] Ранние натуралисты называли амёбу протеем в честь греческого бога Протея, который мог изменять свою форму. Название «амёба» было дано этим микроорганизмам Ж. Б. Бори де Сен-Венсанем,[5] от греческого слова изменение (др.-греч. ἀμοιβή).[6]
В 1918 году была впервые описана Dientamoeba fragilis, и был показан её вред для человека[7].