чем вызвано несовпадение их звукового и буквенного состава, не уверена, но может быть так: гласные в слабой позиции (т.е. безударные), оглушение согласных, буква е в начале слова, буква ё после гласного звука
догадкой - [дагаткай]
её - [й'эй'о]
всё - [ф'c'о]
чтобы - [штобы]
больного - [бал'нова]