В исторической литературе события начала XVII в. принято называть смутой. Этот кризис и кризис 60-70-х годов XVI в. (опричнина) имели во многом одни и те же причины. В основе обоих лежало противоречие между стремлением самодержавия к неограниченной власти и желанием ведущих социальных сил общества участвовать в управлении государством. Основное отличие смутного времени от опричнины в том, что активизировались не только верхи общества, аристократия, служилое дворянство и приказная бюрократия, но и другие социальные группы.
Всесторонняя разработка концепции смуты принадлежит В. 0. Ключевскому, который видел ее причины в сложной социально-экономической обстановке, сложившейся в стране к концу XVI в. и усугубленной в связи с пресечением династии Рюриковичей (смерть в 1598 г. бездетного царя Федора Ивановича).
Смута поистине стала войной всех против всех, разделив российское общество на враждебные один другому слои.
Боярство, запуганное и разоренное опричниной, было недовольно тем, что после пресечения династии Рюриковичей трон достался худородному Борису Годунову, который к тому же пытался править самовластно.Нарастал кризис феодального сословия в целом, т. к. численность служилых людей увеличивалась, а фонд поместных земель резко сократился в итоге "великого разорения" 70-80-х годов XVI в.Усиливался кризис и внутри феодального сословия, так как крупные феодалы переманивали крестьян у более мелких; последние, сидевшие в обезлюдевших поместьях, оказались в очень тяжелом положении.Нарастало недовольство тяглого населения, натерпевшегося от войн и неурожаев, с недоверием относившегося к новому царю Борису Годунову, избранному на царство Земским собором.Казачество, к началу века превратившееся в значительную социальную силу, противилось попыткам правительства подчинить казацкие земли.
Избранный на царство Земским собором 1598 г., Борис Годунов стал единоличным правителем государства ещё при жизни болезненного и политически недееспособного Фёдора Ивановича. Чтобы успешно противостоять родовитому боярству, недовольному новым царём - "выскочкой", Годунов ищет популярности у населения, среднего служилого слоя, давая различные льготы, освобождая на несколько лет от податей целые местности. Одновременно ликвидируются податные привилегии крупных светских и церковных феодалов (например, так называемые тарханы). Для укрепления вооружённых сил Б.Годунов увеличил число стрельцов и других служилых людей "по прибору". Попытки навести порядок в финансах (ревизия казны), в городском управлении, устранить разного рода административные злоупотребления успеха не имели.
Правительство Годунова предпринимало меры для оживления промышленности и торговли, давая льготы иностранным купцам, приглашая в страну знатоков горного дела и других специалистов, заботилось о безопасности сообщений. Впервые для обучения за границу было отправлено несколько молодых дворян. С.П. Платонов отмечает стремление Годунова к общению с цивилизованным западом и то, что при Борисе в Москве начали распространяться западные обычаи.
Активно велась политика колонизации Сибири, Среднего Поволжья и южных районов страны, где возникали новые города - Тюмень, Тобольск, Сургут, Уржум, Самара, Саратов, Царицын и др. Широкое распространение крепостного и церковного строительства - отличительная особенность государственной деятельности Б.Годунова.
В 1589г. в Москве было учреждено патриаршество, что повысило международный авторитет русской православной церкви.
Борис Годунов стремился найти выход из хозяйственного кризиса на путях дальнейшего закрепощения крестьян. Возможно, в условиях послеопричного кризиса - запустения центральных уездов - это был единственный способ предотвратить хозяйственное разорение страны.
Личность Бориса Годунова трактуется в исторической литературе неоднозначно. Если историки Н. М. Карамзин и Н. И. Костомаров рисовали Годунова безнравственным интриганом, то С. Ф. Платонов характеризовал его положительно. Он считал Годунова талантливым политическим деятелем, которому не посчастливилось стать умиротворителем государства лишь в силу указанных выше обстоятельств. В. О. Ключевский, отмечая опыт и способности Годунова, в то же время подчеркивал его непомерное властолюбие, двуличие и другие негативные качества, которые не позволили ему стать авторитетным правителем.
В обстановке всеобщего недовольства, усиленного начавшимися с 1601 г. голодными годами, все более упорными становились слухи о чудесном спасении царевича Дмитрия - младшего сына Ивана Грозного от его последней жены Марии Нагой, погибшего в Угличе 15 мая 1591 г. при загадочных обстоятельствах восьми лет от роду.
Традиционным является предположение, что в роли Лжедмитрия I выступал беглый монах Григорий Отрепьев, среди историков распространена также версия о том, что к роли самозванца готовило его московское боярство, недовольное Годуновым (В. О. Ключевский). Современники событий и историки отмечают и то, что Лжедмитрий I искренне верил в свое царственное происхождение.