Основная проблема повести - проблема чести и долга, о чем говорит и эпиграф к произведению - русская народная пословица: “Береги честь смолоду”. Все герои по-разному проявляют эти качества. Так, Петр Гринев, несмотря ни на что, не нарушает присяги, данной императрице, защищает и покровительствует Марье Ивановне Мироновой, впоследствии ставшей его женой. Швабрин, наоборот, при первой же возможности переходит на сторону Пугачева, не разделяя взгляды предводителя восстания и не желая вникать в проблемы народа, в причины, побудившие его идти на крайние меры - восстание. Он ненавидит и презирает народ. Крепостной слуга Савельич полностью предан своему молодому барину и помнит наказ старика Гринева следить за сыном, не спуская глаз. Капитан Миронов, отец Марьи Ивановны, комендант Белогорской крепости, до последнего сражается с Пугачевым и честно выполняет свой долг.
Один из главных действующих лиц и автор “семейственных записок”, Петр Андреевич Гринев, не получает в детстве хорошего образования, живет “недорослем, гоняя голубей и играя в чехарду с дворовыми мальчишками”. Однако в повести он предстает перед нами как честный и благородный человек. К передовым и лучшим людям Гринев относится именно по своим моральным качествам, а не по образованности. Он, несмотря на все трудности и ошибки, выполняет завет своего отца: бережет честь смолоду. Хотя Петр Гринев не раз оказывается в руках Пугачева и принимает его милость, даже находит помощь и покровительство у беглого казака, он ни разу не нарушает военной присяги, даже в тех случаях, когда это может угрожать его жизни, герой никогда не изменяет себе и людям, которые от него зависят. Он остается на службе даже тогда, когда освобождает Марью Ивановну из плена и может ехать домой, чтобы увидеть родителей. И если Гринев-отец говорит о чести, в первую очередь, как о чести дворянина и офицера, то Гринев-сын умеет расширить понятие чести до его общечеловеческого и гражданского значения.