Обирательное название группы живых организмов, которые слишком малы для того, чтобы быть видимыми невооружённым глазом (их характерный размер — менее 0,1 мм). В состав микроорганизмов входят как безъядерные (прокариоты: бактерии, археи), так и эукариоты: некоторые грибы, протисты, но не вирусы, которые обычно выделяют в отдельную группу, и не прионы. Большинство микроорганизмов состоят из одной клетки, но есть и многоклеточные микроорганизмы, точно также как существуют одноклеточные макроорганизмы, видимые невооружённым взглядом представители рода Caulerpa (являются гигантскими поликарионами). Изучением этих организмов занимается наука микробиология.