В американской провинции живет мальчишка Том Сойер. Его воспитывает тетя Полли. Озорник Том сбегает с уроков, чтобы искупаться. Его выдает сводный брат Сид. В качестве наказания Тому дано задание – выкрасить забор. Сорванец расхваливает свое дело, и другие ребята начинают ему завидовать. Увлекательное занятие Том передает своим друзьям, получив взамен мальчишечьи ценности: осколок бутылки, пробку от графина, рукоятку ножа, дверную ручку.
Закончив с покраской забора, Том отправляется на прогулку. Он встречает прекрасную девочку, в которую влюбляется. В воскресной школе Том усердно изучает Евангелие и Библию. В церкви Том пытается произвести впечатление на Бекки Тэтчер, знанием религиозных текстов. Но, не ответив на простой вопрос судьи, Том впадает в отчаянье.
В школе мальчишка признается в любви Бекки. Он уговаривает ее на помолвку, но происходит ссора из-за ревности. Том решает стать пиратом.
Ночью в компании Гека Финна Том отправляется на кладбище. Там мальчики наблюдают ссору доктора Робинсона, индейца Джо и пьяницы Мэффа Поттера, закончившуюся убийством и клянутся хранить тайну увиденного.
В городе идут разговоры о происшедшем. Том знает, кто убийца. Он впадает в уныние. Тетя считает его больным. Том не желает пить противное лекарство. Он заставляет кота выпить ложечку. Тетя Поли пытается пристыдить мальчика. На это она получает ответ, что над детьми тоже издеваться нельзя. Том прилежно посещает школу, но Бекки не обращает на него внимания. Тогда мальчик вместе с Джо Гарпером и Геком Финном решают стать пиратами и отправляются в плавание на плоту. Пока они развлекаются на острове, их считают утонувшими. Мальчики являются в церковь на собственные похороны. Том снова герой. Вызвав ревность Бекки, он возвращает ее расположение.
В школе Том видит, как Бекки достала из ящика учителя книгу. Подкравшись, он пугает девочку. Она рвет страницу. Бекки уверена, что Том расскажет правду и ей не избежать порки. Перед учителем мальчик берет вину на себя.
Накануне каникул учитель Доббинс особенно строг. Ребята решают отомстить ему. Они спускают на веревке кошку, которая поднимает когтями парик и обнажает лысину Доббинса.
На каникулах родители Бекки увезли девочку. Том заболевает. Оправившись от кори, он появляется на улице, где ему скучно. Том возвращает себе славу героя, выступив на суде. Он рассказывает об убийстве на кладбище правду и спасает невинного Мэффа Поттера. Некоторое время Том страшится мести индейца. Вскоре его страх исчезает и с Геком он идет на поиски клада. В заброшенном доме бродяги, среди которых Джо, находят клад, но решают его перепрятать. Мальчики безуспешно ищут золото в гостинице в номере индейца.
Родители Бекки по возвращению в город устраивают праздник на пароходе. Том с подругой сбегают в пещеры. В это время Гек следит за Джо, который собирается отомстить вдове судьи за арест. Гек рассказывает об этом фермеру. На индейца устроена облава.
На пароходе потеряли Тома и Бекки, а они заблудились в пещере, устали, у них закончилась еда. Том отправляется на поиски выхода. Он видит свет, который оказывается пламенем свечи в руках Джо. Том убегает от индейца. Вновь отправившись на поиски, он находит выход. Дверь в пещеру запирают, но там остается Джо. Тому жаль индейца, погибшего от голода в пещере, но он знает, где тот спрятал золото. Гек и Том становятся самыми богатыми мальчиками.
Вдова Дуглас, обязанная Геку своим спасением, берет его под опеку. Но мальчик не может жить без свободы и приключений и сбегает. Том уговаривает друга вернуться. Мальчики планируют создать шайку благородных разбойников.