Сюжет рок-оперы основывается на евангельских повествованиях и охватывает период от въезда Иисуса в Иерусалим до его казни на Голгофе.
В своём либретто Тим Райс в общем и целом следует евангельским текстам, но при этом по-своему трактует многие ключевые моменты библейской истории. Можно утверждать, что роль ведущего персонажа здесь отдана Иуде. в равной или даже большей мере, чем Иисусу: ему принадлежат первое («Heaven On Their Minds») и чуть ли не последнее слово («Superstar») (за исключением слов умирающего на кресте Иисуса) . Он производит, по крайней мере вначале, впечатление рациональной и последовательной личности, в то время как Иисус сильно эмоционален, чувствителен и, как оказывается, не вполне понимает цель собственной жертвы.
Иуда неустанно критикует Иисуса (за то, что тот по его мнению позволил событиям выйти из-под контроля, пошёл на поводу у толпы, в буквальном смысле слова «бого-творящей» его, разрешил Магдалине тратить на него дорогостоящую мирру и т. д. — последний эпизод имеется и в Евангелии) . По словам Иуды, Иисус в начале своей деятельности считал себя просто человеком и не выдавал себя за бога (Мф. 19:17), а затем перестал сопротивляться мнению толпы, что, по мнению Иуды, может кончиться плохо. На предательство он решается для того, чтобы предотвратить худшую катастрофу — бунт против римлян и последующее кровопролитие. При этом на Тайной вечере Иуда не скрывает своих намерений, более того, восклицает: «Ты сам хочешь, чтобы я сделал это» — и действительно, слышит в ответ: «Иди, что же ты медлишь!» . Когда Иуда начинает понимать, что Иисусу грозит смерть, в которой история обвинит только его одного, он сам себя объявляет жертвой («Зачем ты избрал меня для своего кровавого преступления?») . Логика Иуды такова: если Иисус — действительно сын Бога, значит, он всё предвидел заранее, сам расписал сценарий событий и пригласил его, Иуду, на роль «проклятого на все времена» .
Сам же Иисус неоднократно демонстрирует, что ему известно, что ожидает его лично, и при этом говорит об этом как о судьбе, не подлежащей изменению. В песне «В Гефсиманском саду» Иисус, как и в Евангелии, выражает своё страдание от этого знания и просит: «Забери от меня эту чашу, я не хочу вкусить её яду… » Однако, в отличие от Евангелия, здесь Иисус прямым текстом говорит, что он не понимает, зачем Бог-отец посылает его на смерть (лишь строит догадки: «Стану ли я более заметным, чем был ранее?» , «Будет ли всё, что я говорил и делал, более значимым?») . Просит объяснить ему причину, по которой Бог-отец хочет, чтобы он умер, логику этого решения. Впрочем, если рассматривать это вспоминая эпизод Евангелия в Гефсиманском саду, известный как «моление о чаше» , то он свидетельствует, что человеческая природа Иисуса Христа, как носителя двух природ, на мгновения поколебалась в преддверии смерти, но была побеждена его божественной природой, в итоге приведшей к готовности добровольно принять чашу во имя воли Отца, как воли желающей только блага всем. Поэтому поведение образа и драматизм ситуации несколько не соответствуют тексту песни, прояляя вольную фантазию автора текстов оперы. («Яви мне хотя бы крупицу своего вездесущего замысла» — англ. Show me just a little of your omnipresent brain). Упрекает отца в том, что он слишком увлечён кровавыми деталями его казни («где и как» ) и мало заботится об обосновании её необходимости («зачем» ) — англ. You’re far too keen on where and how, but not so hot on why. Наконец он всё же смиряется с предначертанием, добавляя, что устал от своей ноши («Тогда я был вдохновлён; сейчас я грустен и устал. В конце концов, я старался три года — кажется, что тридцать! Тогда почему боюсь закончить то, что начал?» ) Совершенно очевидно из игры актера что после колебаний он вдруг понимает суть