Лишённый сколько-нибудь значительной социальной опоры на новых землях, решил улучшить своё положение завоевательными походами в Киргизию, которые вызвали отпор киргизов. В 1847 году у озера Иссык-Куль был захвачен в плен и казнён сарбазами киргизского манапа Калыгула. Вожди киргизских племён в знак преданности передали отрубленную голову Кенесары российскому императору. Голову отправили в Омск. По данным многих очевидцев, официальным письмам и СМИ, до 1987 года она экспонировалась в Эрмитаже