Всевластие пап, усиление давления церкви на общество порождали сопротивление. Часть мирян начала искать пути к Богу без посредничества церкви. В народе появились толкования христианства, далёкие от церковных. Набирали силу различные ереси. Еретики объявили католическую церковь «творением дьявола». «Грязной» церкви они противопоставили «чистую». Сторонников «чистой» церкви называли катарами(чистыми). Особенно широко ереси распространились на юге Франции и в Северной Италии. Центром еретического движения на юге Франции был город Альби. По названию этого города еретиков называли альбигойцами. Иннокентий III организовал Крестовый поход против альбигойцев. Силами рыцарства Северной Франции альбигойская ересь была подавлена. Еретиков сжигали на кострах, убивали и преследовали. Юг Франции надолго пришёл в запустение.
Для борьбы с ересями папским престолом была создана инквизиция (от латинского слова «инквизицио» — расследование). По всей Западной Европе были организованы инквизиционные суды (трибуналы). Они использовали тайное следствие, доносчиков и пытки для выявления еретиков. Высшей мерой наказания для еретиков было сожжение на костре. Поскольку считалось, что инквизиция, представлявшая церковь, не может лишать людей жизни, для исполнения смертных приговоров её жертв передавали светским властям. Инквизиция действовала в некоторых странах Европы вплоть до XIX