С 1398 Гус преподавал богословие в Пражском университете, в 1401-1402 был деканом факультета свободных искусств, в 1402-1403 и 1409-1410 – ректором университета. С 1402 года Ян Гус стал проповедовать в специально построенной Вифлеемской часовне (Прага), которая превратилась в центр распространения реформаторских идей. Именно в это время друг Яна Гуса Иероним Пражский привез из Оксфорда сочинения Джона Уиклифа, запрещенного в Чехии. Гус попал под влияние идей Уиклифа и открыто объявил себя сторонником его учения . В своих проповедях Гус осуждал развращенность клира и обличал нравы духовенства, призывал лишить церковь собственности, подчинить ее светской власти, требовал реформы церкви, выступал против немецкого засилья в Чехии вообще и в Пражском университете в частности. Эта критика импонировала шляхте, мечтавшей захватить церковные земли и богатства. Проповеди Гуса отвечали и требованиям бюргерства, стремившегося к "дешевой" церкви. Кроме этого, король Вацлав IV стал на сторону Гуса и в 1409 году подписал Кутнагорский декрет, превративший Пражский университет в чешское учебное заведение. Руководство университетом перешло в руки чехов, немецкие магистры его покинули. Но Пражский университет из международного центра превратился в провинциальное учебное заведение.
1409–1412 годы – время полного разрыва Яна Гуса с католической церковью и дальнейшего развития его реформационного учения . Вслед за Уиклифом он поставил авторитет Священного писания выше авторитета папы, церковных соборов и папских постановлений, которые, по его мнению, противоречили Библии. Идеалом Яна Гуса была раннехристианская церковь. Источником веры Ян Гус признавал только Священное писание. К 1410–1412 годам положение Яна Гуса в Праге ухудшилось, против него выступил пражский архиепископ.
В 1412 Ян Гус выступил против продажи папских индульгенций, после чего Вацлав IV отказался дальше поддерживать опасного еретика, так как это наносило удар по его и без того слабому международному престижу. В 1413 году появилась булла с отлучением Яна Гуса от церкви и интердиктом на Прагу и другие города, которые предоставят ему убежище. Под давлением обстоятельств Ян Гус вынужден был покинуть столицу и в течение двух лет жил в замках покровительствовавших ему дворян, продолжая проповедовать в Южной и Западной Чехии. В изгнании Ян Гус написал опус "О церкви" (1413) с критикой всей организации католической церкви и церковных порядков. Гус отрицал особое положение папы, но не отвергал католические догматы и не призывал к уничтожению феодальной собственности насильственным путем. Вместе с тем Ян Гус беспощадно критиковал практику причастия, по которой священнослужители причащались хлебом и вином, а миряне довольствовались только хлебом. Гус доказывал, что в раннем христианстве все верующие причащались одинаково. Этот тезис имел особое общественное значение, поскольку уравнивал служителей церкви с другими слоями населения.