Средняя температура поверхностных вод океана составляет +17 ° С. Северная часть хорошо прогревается, а также лишена притока холодных вод с юга, поэтому есть теплой. Летом температура вод в Персидском заливе поднимается до +34 ° С.
В Южном полушарии температура вод снижается с ростом широты.
Соленость поверхностных вод во многих районах выше средней, а в Красном море наибольшая среди всех морей Мирового океана (более 41% ©). На образование течений в северной части океана решающее влияние оказывают муссоны. Это приводит к перестройке системы течений по сезонам: летние муссонные - с запада на восток, зимние - с востока на запад. В южной части океана наиболее выражены Южная Пассатная течение и течение Западных Ветров.