Признаки альтернативные — такие, которые имеют два чётко различающихся варианта (семена либо гладкие, либо морщинистые; промежуточных вариантов не бывает).
Впоследствии выяснилось, что из исследованных Менделем семи пар признаков у гороха, у которого диплоидное число хромосом 2n=14, гены, отвечающие за одну из пар признаков, находились в одной и той же хромосоме. Однако Мендель не обнаружил нарушения закона независимого наследования, так как сцепления между этими генами не наблюдалось из-за большого расстояния между ними.