Вопрос о том, входит ли Президент РФ в систему органов исполнительной власти является дискуссионным. Неопределенность правового статуса Президента в системе разделения властей порождена ст. ст. 10 и 80 Конституции РФ, которые не относят этот орган ни к одной из ветвей государственной власти. Согласно одной точке зрения, он рассматривается только как глава государства, стоящий "над всеми ветвями" власти, и как гарант всех конституционных институтов. Считается, что Президент как глава государства обладает полномочиями исполнительной власти, но не входит в систему ее органов. В соответствии со второй точкой зрения, законодательная власть принадлежит парламенту, судебная - судам, исполнительная - Правительству, а Президент РФ наделен особой формой власти - президентской.
Действительно, Президент РФ обладает весьма обширными полномочиями, и конституционная модель этого института соответствует модели сильного Президента, принятой во многих странах мира. Однако обе точки зрения, ставящие Президента вне обозначенных в Конституции РФ властей, противоречит закрепленному принципу разделения властей. Более корректной представляется третья точка зрения, согласно которой Президент РФ, формально являясь главой государства, входит в то же время в систему исполнительной власти и его можно рассматривать как главу исполнительной власти . В соответствии с этой точкой зрения, Конституция определяет статус федерального Президента как "фактического главы исполнительной власти" .
Президент РФ осуществляет руководство государственной администрацией как через правительство, так и непосредственно. В области исполнительной власти он наделен широкими полномочиями, которые распространяются на всю сферу государственного управления. В соответствии с Конституцией (ст. ст. 80-90) и федеральными законами он определяет внутреннюю и внешнюю политику страны, создает органы исполнительной власти, определяет содержание и важнейшие направления деятельности ее системы. Президент назначает (с согласия Государственной думы) и смещает Председателя Правительства, единолично назначает и смещает всех членов Правительства. Он может председательствовать на заседаниях Правительства, которое только ему подотчетно и подконтрольно. Президент вправе отменять акты Правительства РФ. Председатель Правительства обязан систематически информировать Президента о работе Правительства. Президент напрямую руководит целым рядом ведомств государственной администрации: более чем 1/4 часть федеральных органов исполнительной власти (16 из 58) находится в непосредственном подчинении Президенту РФ 3.
Таким образом, даже этот не полный перечень полномочий Президента в сфере исполнительной власти дает основания считать главой исполнительной власти РФ именно Президента РФ, а не Председателя Правительства или Правительство РФ в целом. Указания Президента по всем вопросам государственного управления обязательны для Правительства. Самостоятельность и независимость Правительства РФ в руководстве государственной администрацией допустима лишь в тех пределах и до тех пор, пока его курс отвечает программным установкам Президента и определяемым им направлениям внутренней и внешней политики