Вот наше предложение:
He is a pupil.
Если вот такое или иное ( другое ) предложение и после местоимений третьего лица ( He,she,it) есть is и поэтому когда задаём вопрос начинаем с is.
Не бывает :
He is a pupil ?
Надо начинать вопрос с is.
Вот теперь мы задаём вопрос.
Is he a pupil? -
Yes , he is a pupil.