Внутренние районы всех крупных островов являются гористыми: для Явы и Суматры характерны прямолинейные сплошные горные хребты практически по всей длине острова, для Сулавеси и индонезийских территорий Калимантана и Новой Гвинеи — более сложные конфигурации горных систем. Самая высокая вершина Индонезии (она же — самая высокая вершина Океании) — гора Пунчак-Джая (4884 м), расположенная в западной части Новой Гвинеи. Наибольшие по площади равнинные территории имеются на Калимантане
На территории Индонезии разрабатываются нефтегазовые месторождения, в основном, на островах Суматра и Калимантан. По экспорту природного газа страна занимает первое место в мире. Также имеются крупные запасы олова, никеля, угля, меди, урановой и железной руды, месторождения марганца, свинца, кобальта и фосфоритов, кроме этого добывают бокситы, золото, серебро, алмазы и рубины.
Среднегодовая температура в Индонезии составляет плюс двадцать семь градусов по Цельсию (+27 С). Температура воды тут такая же, как и на поверхности, так, что страна довольно таки жаркая.