происхождении названия «Капова» существует две версии. Первая — от звука капели, постоянно происходящей внутри, и вторая — от слова «капище» (храм), поскольку есть свидетельства, что в доисторические времена пещера использовалась как храм (для этой же цели были сделаны наскальные рисунки). В исторические времена (средневековье) использовалось в качестве языческого капища, о чём свидетельствуют башкирские легенды и археологические раскопки[10].
Название «Шульганташ» происходит от башкирского языка. «Таш» в переводе — камень, а Шульган — это река, впадающая в Белую рядом со входом в пещеру, так же слово «шу-ульган» в переводе с древнего диалекта башкирского означает «вода умерла, канула в небытие»[источник не указан 1730 дней], то есть это название можно перевести как «вода умерла в камне» или «вода ушла под камень». Кроме того, Шульган — персонаж башкирского эпоса «Урал-батыр», старший брат главного героя — повелитель подземного мира.