Став полноправным диктатором, Наполеон в корне изменил государственное устройство страны. Внутренняя политика Наполеона состояла в укреплении его личной власти как гарантии сохранения результатов революции: гражданских прав, прав собственности на землю крестьян, а также тех, кто купил во время революции национальные имущества, то есть конфискованные земли эмигрантов и церкви. Обеспечить все эти завоевания должен был Гражданский кодекс (1804), вошедший в историю как кодекс Наполеона. Наполеон провёл административную реформу, учредив институт подотчетных правительству префектов департаментов и супрефектов округов (1800). В города и деревни назначались мэры.
Был учреждён государственный Французский банк для хранения золотого запаса и эмиссии бумажных денег (1800). До 1936 года в систему управления Французским банком, созданную Наполеоном, не вносилось серьёзных изменений: управляющий и его заместители назначались правительством, а решения принимались совместно с 15 членами правления из акционеров — так гарантировался баланс между интересами общественными и частными. 28 марта 1803 года были ликвидированы бумажные деньги: денежной единицей становится франк, равный пятиграммовой серебряной монете и поделенный на 100 сантимов. Для централизации системы сбора налогов были созданы Управление прямого налогообложения и Дирекция сведённого налогообложения (косвенных налогов) . Приняв государство с плачевным финансовым состоянием, Наполеон ввёл жёсткую экономию во всех сферах. Нормальное функционирование финансовой системы было обеспечено созданием двух противостоящих друг другу и в то же время сотрудничающих министерств: финансов и казначейства. Их возглавляли выдающиеся финансисты того времени Годен и Молльен. Министр финансов отвечал за поступления в бюджет, министр казначейства давал подробный отчёт о расходовании средств, его деятельность проверялась Счётной палатой из 100 государственных служащих. Она контролировала расходы государства, но не выносила суждения об их целесообразности.
Административные и правовые нововведения Наполеона заложили основу современного государства, многие из них действуют и по сей день. Именно тогда была создана система средних школ — лицеев и высшие учебные заведения — Нормальная и Политехническая школы, до сих пор остающиеся самыми престижными во Франции. Прекрасно сознавая важность воздействия на общественное мнение, Наполеон закрыл 60 из 73 парижских газет, а остальные поставил под контроль правительства. Была создана мощная полиция и разветвлённая тайная служба. Наполеон заключил конкордат с Папой Римским (1801). Рим признавал новую французскую власть, а католицизм объявлялся религией большинства французов. При этом свобода вероисповедания сохранялась. Назначение епископов и деятельность церкви ставились в зависимость от правительства.
Эти и другие меры заставили противников Наполеона объявить его предателем Революции, хотя он считал себя верным продолжателем её идей. Истина же в том, что он сумел закрепить некоторые революционные завоевания (право на собственность, равенство перед законом, равенство возможностей) , но решительно отмежевался от принципа свободы.