Чокан Валиханов родился в орде-зимовке Кунтимес Аман-Карагайского внешнего округа (ныне местность в Сарыкольском районе Костанайской области). Его отец, Чингис Валиханов, был старшим султаном Аман-Карагайского внешнего округа Омской области с 1834 года. При рождении мальчику было дано мусульманское имя Мухаммед-Канафия. Позже придуманное его матерью прозвище Чокан закрепилось как официальное имя. В детстве (1842—1847 гг.) мальчик учился в казахской школе, открытой в орде Кунтимес, где он получил начальные знания казахского, кыпшак-чагатайского, арабского и персидского языков[6]. Будучи сыном старшего султана, Валиханов с детства имел возможность общаться с известными поэтами, акынами и художниками, знакомиться с их творчеством. Вследствие этого у Чокана с ранних лет появилась особая любовь к устному и музыкальному народному творчеству казахов, а также к рисованию.