В классическом крестово-купольном храме квадратное в плане здание делилось рядами столбов или колонн на нефы - межрядовые пространства, идущие от входа к алтарю. Нефов, как правило, было 3, 5 или 7, причем ширина центрального нефа вдвое превышала ширину боковых. Точно по центру здания в центральном нефе симметрично располагались четыре главных столба, несущих купол. Эти столбы выделяли в пространстве храма еще один неф - поперечный или трансепт. Квадратное подкупольное пространство между главными столбами, являющееся пересечением центрального нефа и трансепта, называется средокрестием. Со столбов на стены перекидывались арки, несущие полуцилиндрические (бочковые) своды. На четыре главных столба опирался барабан со световыми окнами, поддерживающий главный купол храма. С центральным куполом могли соседствовать от 4 до 12 меньших куполов (главный купол символизирует Христа, 5 куполов - Христа с евангелистами, 13 куполов - Христа с апостолами) .
Вход в храм, обрамленный порталом, располагался с западной стороны. Если хотели придать зданию более вытянутую прямоугольную форму, с западной стороны пристраивали нартекс. Нартекс обязательно отделялся от центральной части храма - наоса - стеной с арочными проемами, ведущими в каждый из нефов.
С восточной стороны располагался алтарь, где происходила важнейшая часть христианского богослужения. В области алтаря стена выдавалась полукруглыми выступами - абсидами (апсидами) , крытыми полукуполами - конхами.
Если купол символизировал Церковь небесную, то алтарь - Церковь земную. В алтаре размещался престол - возвышение, на котором проходило таинство евхаристии - пресуществление Святых Даров (превращение хлеба и вина в Тело и Кровь Христовы) . Позднее севернее алтаря стали устраивать жертвенник (также с престолом, но меньшего размера) , а южнее - дьяконник - помещение для хранения богослужебных сосудов и одежд.
Приблизительно с IV века алтарь стали отделять алтарной преградой (устройство первой алтарной преграды приписывают Святому Василию Великому) . Преграда отделяла священнослужителей от мирян и придавала евхаристическому действу особую торжественность и таинственность.