Прошел месяц, с тех пор когда Борис и его сестра закрылись в монастыре и отказались взять направление на престол в городе Москва. Жители могут объяснить отказ Годунова только тем, что он испугался власти. Но Шуйский не был так прост и понимал, что это все игра. Так как нет смысла в том, что царевич в младенчестве убит был.
События происходят, как их и предсказывали. Народ взмолился и упросил Бориса Годунова взять на себя царствование Москвой. Он немного погодя соглашается и выходит из монастыря. Проходит 4 года.
Между тем у Чудова монастыря священнослужитель Пимен мечтает закончить летопись. Просыпается Григорий, который спал неподалеку от Пимена. Григорий жалуется на жизнь при монастыре, которой он живет еще с детства и бежит от такой жизни. Перед тем он расспрашивает у Пимена о мертвом царевиче, так как наследник был его ровесником, а во время смерти его Пимен находился в Угличе.
Григорий хочет попасть на трон. О данном происшествии докладывают патриарху. Он приказывает догнать Григория и отправить его в ссылку в Соловецкий монастырь. После беседы с колдуном приходит царь. Шесть лет он уже правит, но сей факт его не удовлетворяет. Он осознает бесполезность своих действий, да и муки совести его давно уже одолели.
Приставы вошли. У них указ с приметами Григория, но он, предлагая свою кандидатуру на прочтение указа, изменяет внешние приметы. Ложь его раскрывается, но он успевает убежать. В поместье Шуйского гостит Афанасий Пушкин. Он располагает интересной новостью из поместья Кракова и делится с её с главой дома. Шуйский понимает, что если о данной новости узнают все, то это навлечет большие неприятности. В царских палатах Шуйский рассказывает Борису Годунову о Кракове. Узнав обо всем, Григорий выдает себя за царевича. Борис Годунов расспрашивает Шуйского о смерти настоящего царевича, и о том, как тот навещал его целых три дня подряд, но рассказывает, что он был так красив, как будто спал.
Григорий, обольщая всех намечающихся сторонников в поместье Вишневского, обещает присоединить Русь к Ватикану. Так же обещает казакам дать вольность, а всех слуг Годунова наказать. Он заезжает к Мнишке, где решает остановится, за три дня он влюбляется в Марину и рассказывает о том, что он самозванец. Марина не желает любить монаха, тем более беглого, так как она желает встать на престол Москвы.
После всяческих оскорблений с ее стороны у него просыпается достоинство, и он вновь настаивает, что он царевич. Григорий уже недалеко от границы с Литвой, он бесконечно терзает себя мыслью, что самые заклятые враги были позваны им на Русь. Но быстро оправдывает себя в своих глазах, ссылаясь на Бориса. Царская дума на заседании обсудила, что беглец уже прошел Чернигов. Царь издает указ о призыве на службу. Шуйский пытается успокоить граждан. Царевич-самозванец выигрывает битву.
На площади рядом с собором, после того как окончилось собрание, и где было принято решение об анафеме, поют песнь в память о царевиче. Рядом с собором сидит Никола, мальчишки, играющие рядом, начинают его дразнить, тем, что он зарезал наследника. Но на предложение о молитве царю, Никола ответил отказом, и сказал, что за него Богородица не велела молиться. Борис Годунов сильно не доволен боярами, он желает, чтобы воеводой стар человек без роду, несмотря на то, что Басманов умен и талантлив.
Некоторое время спустя после беседы с Басмановым, государь почувствовал себя плохо, резко упав с трона, а кровь потекла изо рта и ушей. Понимая, что погибает, Борис Годунов попросил уединения с царевичем. Он очень любил своего сына и благословил его на правление. После этой беседы, в зал вошел Патриарх, царица с дочерью и бояре. Все обещают царю, что будут служить правдой его наследнику, после сказанного он начал проходить обряд пострижения.
Господин Басманов, которого Феодор высоко вознес, ведет разговор с Пушкиным, который желает сдружиться, прикрываясь Димитрием, так же он предлагает главный сан, если тот предложит его на престол. Такая мысль воспринимается Басмановым как предательство, но он все-таки ее начинает обдумывать. Пушкин созывает граждан, от имени Димитрия, на "Лобном" месте и начинает призывать жителей целовать крест, принимая нового главу государства.
Откуда ни возьмись, появляется мужчина, который высказывает всем, что Димитрия, Борисова щенка, надо вязать, и все вбегают в палаты. Под стражей оказался весь особняк Бориса с детьми. Но многие проникаются жалостью к детям, объясняя это тем, что дети невинны в злодействах своего отца. На пороге, после того как все немного успокоились, оказывается Мосальский и говорит гражданам, что жена Годунова и ее сынок наложили на себя руки, отравившись ядом. И то, что их трупы они видели собственными глазами. А Димитрия, безмолвно, все же провозгласили новым правителем.