Слов без корней не бывает. Единственным исключением в русском языке является глагол вынуть, в котором выделяется приставка вы-, суффикс -ну- и суффикс инфинитива -ть. В результате исторических изменений сегодня слово вынуть осталось без корня. "Вынимать" и "вынуть" - однокоренные слова. В слове вынимать корень -ним-, а в вынуть, образованном от вынять, был корень -ня, историческое чередование я - им (ср. понять – понимать).