Автотрофные организмы синтезируют органические вещества (углеводы) из углекислоты и воды при помощи хлорофилла на солнечном свету, служащем источником энергии. Эти жгутиковые питаются как настоящие растения и не нуждаются в органической пище, поэтому этот способ питания называется также голофитныму или растительным. Хлорофилл пропитывает особые органоиды — хроматофоры, которые бывают зеленого, бурого, красного или желтого цвета. Хлорофилл есть во всех хроматофорах, но в незеленых он затемнен желтым, красным или коричневым пигментами. К автотрофным организмам принадлежат все окрашенные жгутиковые. Гетеротрофные организмы не обладают хлорофиллом и не могут поэтому синтезировать углеводы из неорганических веществ. Они питаются нескольких жировых капель, пропитанных красным пигментом — гематохромом.