Едва приняв власть, молодой император начал процесс насильственной рекатолизации, направленный на преследование протестантов и возрождение гегемонии римско-католической церкви. Всем, кто не желал менять вероисповедание, Фердинанд предписал покинуть страну. Подобно своему дяде Филиппу II Испанскому, Фердинанд любил повторять слова: «Лучше пустыня, нежели страна, населенная еретиками». Через несколько лет в австрийских владениях, где прежде половина населения состояло из лютеран и кальвинистов, не осталось ни одной протестантской церкви.