Во-первых, необходимо отметить, что иногда термин «эфир» используется в значении «физический вакуум» для того, чтобы подчеркнуть, что в рамках квантовой теории поля реальный физический вакуум не является абсолютной пустотой, но содержит так называемые нулевые колебания разнообразных полей. Это использование термина «эфир» современными учёными вовсе не означает признания реальности исходного эфира, а является лишь не вполне удачным оборотом речи.
Во-вторых, термин «эфир» изредка встречается и в научных работах, однако он, как правило, несёт чётко оговоренный смысл, отличающийся от первоначального значения слова. Так, например, в работе A. de Gouvêa, Can a CPT violating ether solve all electron (anti)neutrino puzzles?, Phys. Rev. D 66, 076005 (2002) (hep-ph/0204077) под «CPT-нарушающим эфиром» подразумевается лишь определённого вида члены в потенциале нейтринного лагранжиана.