Список наиболее значимых притоков Енисея включает в себя следующие реки: слева — Хемчик, Кантегир, Абакан, Кемь, Кас, Сым, Дубчес, Елогуй, Турухан, Малая Хета, Большая Хета, Танама, Грязнуха; справа — Ус, Кебеж, Туба, Сыда, Сисим, Мана, Кан, Ангара, Большой Пит, Подкаменная Тунгуска, Бахта, Нижняя Тунгуска, Курейка, Хантайка, Дудинка.
Правые притоки Енисея доминируют над левыми по количеству приносимой воды и по площади водосбора. Основным притоком является река Ангара, но примерно один год из десяти лет другой крупный приток, река Нижняя Тунгуска, превосходит её по годовому стоку