Последствия опричнины многообразны. «писцовые книги,создают впечатление, что страна испытала опустошительное вражеское нашествие». До 90 % земли лежало «в пустее». Многие помещики разорились настолько, что бросили свои поместья, откуда разбежались все крестьяне, и «волочились меж двор». Книги полны записями такого рода: «…опритчиные на правежи замучили, дети з голоду примерли», «опритчина живот пограбели, а скотину засекли, а сам умер, дети безвесно збежали», «опричиныи замучили, живот пограбели, дом сожгли». В Двинской земле, где собирал подати опричник Барсега Леонтьев, целые волости запустели по выражению официального документа «„от гладу, и от мору, и от Басаргина правежу“. В духовной грамоте 90-х гг. автор отмечает, что его село и деревню в Рузском уезде „опришницы розвозили, и та земля стояла в пусте лет з двацеть“. Экономические и демографические результаты опричнины резюмировал псковский летописец, записавший: „Царь учиниша опричнину… И от того бысть запустение велие Руской земли“».[5]
Непосредственным результатом запустения был «глад и мор», так как разгром подрывал основы шаткого хозяйства даже уцелевших, лишал его ресурсов. Бегство крестьян, в свою очередь, привело к необходимости насильно удерживать их на местах — отсюда введение «заповедных лет», плавно переросшее в учреждение крепостного права. В плане идеологическом опричнина привела к падению морального авторитета и легитимности царской власти; из защитника и законодателя царь и олицетворяемое им государство превратились в грабителя и насильника. Выстраиваемая десятилетиями система государственного управления сменилась примитивной военной диктатурой. Попрание Иваном Грозным православных норм и ценностей и репрессии в отношении Церкви лишили смысла формулу «Москва — третий Рим» и привели к ослаблению нравственных ориентиров в обществе. Как считает ряд историков, события, связанные с опричниной, явились непосредственной причиной системного общественно-политического кризиса, охватившего Россию через 20 лет после смерти Грозного и известного под именем «Смутного времени».
В плане военном, опричнина показала свою полную неэффективность, проявившуюся во время нашествия Девлет-Гирея и признанную самим царем.
В плане политическом, опричнина утвердила неограниченную власть царя — самодержавие. Это последствие, наряду с крепостным правом, оказалось наиболее долгосрочным