Корневая система у перца хорошо развита, корни расположены в основном в верхнем слое грунта. На легких почвах, при хорошем питании, корни распределяются во все стороны, в радиусе до 1 метра и углубляясь до 60-80 см. Если почвы тяжелые, то корни растений перца располагаются на глубине 15-40 см. До начала плодоношения корни растут интенсивно, в дальнейшем рост корней замедляется.