Название озера Селигер скорее всего прибалтийско-финского происхождения, однако конкретная его этимология остаётся предметом споров. А. Л. Погодин и поддержавший его А. И. Попов утверждали, что название восходит к значению «высоко расположенное озеро». Я. Калима и М. Фасмер считают, что «плотвяное озеро»