Почему словосочетание красным карандашом
Карандашом (каким?) красным, следовательно, карандашом - главное слово, а красным - зависимое.
Красным карандашом. Карандашом (каким?) красным. То есть прилагательное красным - зависимое слово, а карандашом- главное.