Баю - баюшки - баю!
В данном случае можно поставить ударение ко всем словам, то есть БАю - бАюшки - БаЮ. Ударение падает на гласные -А и на -Ю.
Или же когда мы читаем все вместе и быстро, то Баю-баюшки-баЮ. Ударение падает на последнюю -Ю.
Но если без этих сложностей, то ударение падает на первое БАю.