Его используют когда придают большое значение документу или тому, что написано, зафиксировано. Пословица свидетельствует о высокой народной оценке письменного слова, которому придаётся значение документа, обязательства. Противопоставление "вырубке" топором, возможно - некоторая реминисценция о древних знаках-зарубках, которые прежде использовались для разных случаев, например, для отметки долгов ср. устар. : зарубить на бирке. Пословица исконно русская, организованная рифмой пером - топором, поэтому даже в близкородственном украинском языке она имеет иные варианты: Напишеш пером, не вытягнеш волом; Що написано пером, того не выволочет волом