Унаследовавший трон после смерти Ивана Грозного царь Фёдор Иванович (правил в 1584-98) был болезненным и слабоумным. Среди окружавших престол дворцовых группировок разгорелась острая борьба за власть. Вскоре, оттеснив князей Шуйских и Ф. И. Мстиславского, ведущую роль при дворе стал играть шурин царя - боярин Борис Фёдорович Годунов (брат царицы Ирины). С середины 1580-х гг. Годунов стал фактическим правителем государства. Царь Фёдор Иванович не оставил наследников (единственная дочь умерла в младенчестве), его младший брат Дмитрий Иванович, последний из прямых наследников престола, погиб в Угличе в 1591 (по официальной версии, смертельно ранив себя ножом во время эпилептического припадка).В 1598 Земский собор избрал царём Бориса Годунова (правил до 1605). В 1580-90-е гг. в стране наметился экономический подъём, хотя последствия опричнины и Ливонской войны ещё не были до конца преодолены. Стабилизировалось международное положение России. В результате русско-шведской войны 1590-93, завершившейся Тявзинским миром 1595, Россия вернула часть земель, утраченных в ходе Ливонской войны (в т. ч. города Ям, Копорье, Орешек). В 1601 продлено на 20 лет перемирие с Речью Посполитой. Активизировалась торговля с Англией, Голландией, Персией. Упрочились русские позиции на Северном Кавказе. Продолжалось освоение Сибири, где строились крепости и остроги: Сургут (1594), Верхотурье (1598), Мангазея (1601), Томск (1604) и др.; развивались промыслы и торговля. Для укрепления южных и западных рубежей основаны города Воронеж (1586), Белгород (1593), Валуйки (1593), Царёв-Борисов (1599) и др., восстановлен Курск (1596). Большой размах приобрело церковное и гражданское каменное строительство: построены каменные крепости в Смоленске, Астрахани, Казани. В Москве сооружены Белый город и Земляной город, архитектурные комплексы в Кремле, царская резиденция в с. Большие Вязёмы (под Москвой). Для работы в России приглашались иноземцы (рудознатцы, часовщики, врачи, аптекари и др.). Дворянские дети направлялись для обучения наукам за границу. Вместе с тем, в последней четверти 16 в. происходили важные изменения в государственном устройстве России, направленные в целом на укрепление самодержавной власти, усиление роли и влияния приказной бюрократии, усиление крепостной зависимости крестьян и посадских людей, увеличение налогового гнёта. Закрепилось привилегированное положение московской знати и дворян, служивших по московскому списку (в противовес уездному дворянству, служившему "с городом"). В 80-е гг. была проведена перепись земель, изданы указы о запрещении крестьянского выхода в Юрьев день (1592/93), 5-летнем сроке сыска беглых (1597); в том же году кабальные холопы лишены права выкупа на свободу, а т. н. "вольные холопы" обращены в кабальных. В городах осуществлялось "посадское строение" (возврат беглых посадских людей, отмена привилегий частновладельческих слобод). Наметившийся экономический подъём был прерван страшным голодом 1601-1603, который, несмотря на проводившиеся правительством широкомасштабные благотворительные мероприятия, имел катастрофические последствия для экономического развития страны, привёл к резкому обострению социальных противоречий.