В степной и лесостепной зонах водятся волки, хорьки, вольготно живут суслики, хомяки, сурки, полевки. Лось и медведь-самые крупные особи. По берегам водоёмов гнездятся гуси, утки, журавли.
Лиса, колонок, горностай, ласка встречаются гораздо чащечаще, чем волки.
Сейчас в чистых таежных и горных реках водится таймень, ленок, сиг, елец, налим, щука, чебак, язь и еще около 30 видов рыб. Однако промышленная деятельность человека, загрязнение Томи, строительство гидротехнических сооружений отрицательно влияет на водную фауну Кузбасса.