Скелет рыб состоит из основного скелета — позвоночника, скелета головы, а также скелета плечевого и тазового поясов и непарных и парных плавников. Строение скелета отдельных рыб имеет некоторые особенности. Наиболее простое строение скелета у рыбообразных.
Рыбообразные хордовые рыбы (миноги, миксины). Имеют осевой скелет (позвоночник), который представлен спинной струной — хордой, которая сохраняет волокнистую эластичную структуру и только в наиболее важных для организма местах пронизана слабыми хрящевыми образованиями. Хорда окружена толстой соединительнотканой оболочкой, в которой находится парный ряд хрящиков — зачаток позвонков. Хрящики примыкают к верхнему краю хорды, а спинной мозг располагается между ними. Скелет головы миноги состоит из черепной коробки, хрящей ротовой воронки и сложной жаберной решетки. Затылочного отдела и челюстей у рыбообразных нет.
Хрящевые рыбы (акулы, скаты). Имеют хрящевой скелет. Позвонки скрепляются остатками хорды, которая сохраняется и внутри тела каждого позвонка. Череп состоит из сплошной массивной хрящевой черепной коробки, в которой слиты обонятельный, зрительный, слуховой и затылочной отделы. Челюсти несут настоящие зубы, подвесочный, подъязычный аппараты и хрящевые жаберные дуги.
Хрящекостные рыбы (осетровые). Скелет рыб в основном хрящевой, но в нем впервые появляются костные образования. В скелете осетровых имеются только накладные кости. Позвоночник хрящевой и сплошной. Череп осетровых мало отличается от черепа хрящевых рыб: он представляет собой сплошной хрящевой массив в виде коробки, но на нем имеются покровные кости. В скелете головы имеется пять пар жаберных дуг.
Костистые рыбы. Скелет рыб в основном окостеневший, количество хряща в нем незначительно. Позвоночник совершенно окостеневший. От тела позвонков отходят верхние дуги, а в хвостовой
части и нижние дуги с остистыми отростками. В туловищной части от позвонков отходят ребра. Позвонков у костистых рыб меньше, чем у хрящевых; у луны-рыбы их 17, у атлантической сельди — 57, у речного угря — 114.
Скелет плавников парных и непарных состоит из ряда лучей, между которыми натянута плавательная перепонка.
Мышцы рыб делят на гладкие и поперечнополосатые.
К гладким мышцам относят мышцы внутренних органов. Они образуют мышечный слой стенок кровеносных сосудов, желудка, кишечника и др. Сокращаясь, гладкая мышечная ткань изменяет объем этих органов. Гладкие мышцы состоят из веретенообразных клеток с овальным ядром посередине. Длина их около 0,1 мм. Клетка заполнена миофибриллами — тонкими белковыми нитями. Миофибриллы являются тем рабочим механизмом, который совершает работу за счет энергии химических реакций.
К поперечнополосатым мышцам относят все скелетные мышцы: туловища, плавников, головы. Деятельность поперечнополосатой мускулатуры регулируется центральной нервной системой. Поперечнополосатые мышцы состоят из отдельных мышечных волокон, заполненных протоплазмой и ядрами. Внутри пропоплазмы находятся миофибриллы, которые в этих мышцах имеют поперечную исчерченность.
Мускулатура тела рыб состоит из мышц туловища, головы и плавников. Наибольшую массу составляют мышцы туловища, которые образуют большой боковой мускул, разделяющийся соединительными прослойками — миосептами — на мышечные сигменты — миомеры. Последние в виде конусов вложены один в другой. Число миомеров обычно соответствует числу позвонков.
Мышцы головы и жаберного скелета многочисленны. Это отдельные мышцы, приводящие в движение челюсти, нёбную дугу и жаберные крышки.
Мышцы конечностей — тонкие мускульные волокна, прикрепленные к плавникам у основания. Они поднимают, опускают и отклоняют плавники.
Для каждого вида рыб характерен определенный цвет мышц. У судака мышцы белые, у щуки — сероватые, у форели — розовые, у нерки — красно-оранжевые, у семги — оранжевые. На цвет мышц, влияют факторы внешней среды и физиологическое состояние рыбы.