Основными причинами можно назвать последствие реформы опричнины (направлена была на укрепление самодержавия, а реально еще больше нарушила ее основы), и сложившийся позже кризис государственности.
В экономической сфере: в связи со стихийными бедствиями (голод, эпидемия чумы), неудачных войн (Ливонская война, война с Речью Посполитой) экономическое состояние страны было катастрофическим происходили голодные бунты.
В политической сфере: в 1598 году пресекается династия рюриковичей. Т.е. случился династический кризис, в свою очередь он усилился после смерти младшего сына Ивана Грозного Дмитрия (были мнения, что его убили, официальную версию объявили, что он играл в игру с ножами и случайно заколол себя).