Обычно в квадратных скобках, чтобы обозначить мягкость звука ставится запятая сверху.Например:
[т'] мягкий звук т (ть)
При записи звуков обозначающих буквы: е,ю,ё,я если они стоят в начале слова или после Ь, мы разделяем их на два звука
Например:
Буква Е=[й]
[э]