В Эстонии протекает около 7000 рек и ручьев (реки: Выханду, Пярну, Пылсамаа, Педья, Кейла и мн. др.)
Озер насчитывается более 1150 (Чудское, Псковское, Выртсъярв, Теплое, Пярну, Педья и др.)
Побережье Эстонии омывается Финским, Рижским заливами и Балтийским морем.