Термин «языковая система» может применяться не только в отношении языка в целом как организованной совокупности подсистем, но и по отношению к отдельной подсистеме — закономерно организованной совокупности элементов одного уровня языка, связанных устойчивыми отношениями, в том числе оппозитивными. В последнем смысле говорят о фонологической, морфологической, словообразовательной, синтаксической, лексической, семантической системе данного языка; в ещё более узком понимании термина речь может идти о системах (или подсистемах) отдельных частей речи или грамматических категорий.
Существует также другое значение термина «подсистема языка», применяемое к диалектным, социолектным и стилистическим разновидностям языка.