Третье отделение занималось сыском и следствием по политическим делам, осуществляло цензуру(до 1865), боролось со старообрядчеством и сектантством, ведало политическими тюрьмами, расследовало дела о жестоком обращении помещиков с крестьянами, позднее надзирало за революционерами и антиправительственно настроенными общественными деятелями. Каждый год сотрудники отделения составляли для императора обзоры общественно-политической жизни.