1) Это, конечно (вводное, степень уверенности), только легенда,1 но возникла она отнюдь не случайно.
1 - запятая стоит потому, что две грамматические основы
(Это легенда; она возникла)
2) Уставшим и озябшим птенцам мать позволяет забраться на её спину и, как паром, скользит по глади воды.
КАК ПАРОМ выделяется запятыми потому, что вторая грамматическая основа. Получается (мать позволяет, скользит; паром;)