Приключения Тома Сойера разворачиваются в маленьком провинциальном городке Санкт-Петербурге, в середине XVIII в. Городок, в котором даже в пору отпусков не прекращается изучение Библии в воскресной школе. Непоседливый и шаловливый Том, которому чужда образцовая жизнь провинции, сбегает с занятий, чтобы поплавать в Миссисипи. За это тетя Полли, воспитывающая мальчика, наказывает его покраской изгороди. Но неунывающий мальчик сумел подать скучное занятие в необычной интерпретации, за что получил множество подарков, и скинул окрашивание забора на знакомых мальчишек.
Романтичный Том влюбляется в голубоглазую девочку Бекки, дочку окружного судьи Тэчер. Любовная история претерпевает измену и ревность, разлуку и горькую обиду.
Между тем, Том с друзьями, в числе которых беспризорник «уличный» мальчишка Гекльберри Финн, решили стать пиратами, для чего убегают из дому и проводят время на островке Джексона, близ Санкт-Петербурга. Там мальчишки развлекаются вволю, пробуют курить самокрутки, отдыхают, рыбачат. Наконец, они устают от «пиратства» и решают вернуться домой, и тут неугомонный Том придумывает очередную авантюру, уговорив мальчишек явиться в день собственных похорон. Он и подумать не мог, какая жестокая выйдет шалость.
Во время этих невинных приключений случается настоящая трагедия, свидетелями которой невольно становятся Том и его друзья. Желая избавиться от бородавок, они пришли на кладбище, к могиле «нехорошего» человека, чтобы, бросив дохлую кошку вслед за чертями, явившимися за покойником, отправить их следом. Здесь они становятся свидетелями кровавой расправы мстительного Индейца Джо, который в пылу драки убивает доктора. Индеец Джо сваливает вину на простачка Меффа Поттера, уверяя его, что он в забытье нанес смертельное ранение доктору. Дело доходит до суда. Мальчишки, не на шутку испугавшись, клянутся никому не рассказывать о случившемся ни при каких обстоятельствах. Однако на суде Том не смог промолчать и раскрыл правду. Индеец Джо успел скрыться, а Меффа признали невиновным.
Том становиться героем городка, им восхищаются, пишут о нем в газете. Но его не оставляет постоянная тревога об ожидающей расправе Индейца Джо, который гулял на свободе. Том затевает очередное приключение, собираясь найти клад, под старым деревом. В поисках бриллиантов, дети натыкаются на брошенный дом, с выбитыми стеклами, где мальчишки обнаруживают «глухонемого» испанца, под которым скрывался Индеец Джо, готовивший очередное злобное преступление, на этот раз мести подвергалась вдова Дуглас. Храбрый Гек, зовет на помощь и предупреждает об опасности, однако Джо удаётся скрыться.
Том и Бекки отправляются отдыхать на природу, гуляют в огромной пещере Мак-Дугала, наслаждаются окрестными чудесами и забредают в лабиринт. Возлюбленных преследует стая летучих мышей. Решительность и сообразительность, проявленная Томом, помогла детям выбраться из бездонной пещеры. Оставив Бекки у речки, Том обнаруживает выход. Обеспокоенный отец Бекки, Тэчер приказывает запереть вход в пещеру. И обрёк этим на верную смерть Индейца Джо, скрывавшегося в пещере. Похороны Индейца были своего рода празднеством для провинции, сюда съехались и дети и взрослые.
В качестве благодарности к мальчишкам вдова судьи Дуглас берет на воспитание Гека. Мальчишки вдобавок к всеобщей радости обнаруживают клад, перепрятанный Индейцем в пещере, и становятся миллионерами.