Сероводород и аммиак образуются в результате анаэробного, то есть без присутствия кислорода, разложения органических веществ и в первую очередь, белков. Присутствие в воде сероводорода даже в незначительных количествах губительно для рыб и категорически недопустимо в рыбоводных водоемах. Определить его наличие можно по запаху тухлых яиц. Появление сероводорода в придонных слоях водоема служит признаком острого дефицита кислорода и развития заморных явлений. При появлении характерного запаха нужно немедленно сбросить нижний, наиболее загрязненный слой воды, добавить свежей воды, включить аэраторы, если они имеются в наличии. Содержание сероводорода зависит от РН. Чем он ниже, то есть чем кислее среда, тем его больше. При РН не более 8 он практически отсутствует.
Концентрация свободного аммиака в воде также очень связана с РН. Однако в отличии от сероводорода доля его увеличивается с ростом водородного показателя. Естественным источником аммиака в воде служат прижизненные выделения рыб и других водных обитателей. Токсичность аммиака для рыб в значительной мере зависит также от концентрации кислорода, температуры и жесткости воды. Допустимое содержание свободного аммиака в воде рыбоводных прудов составляет 0,1 грамм на 1 кубометр.