Родился в Торуне в купеческой семье, рано лишился родителей. Торунь вошёл в состав Польши всего за несколько лет до рождения Коперника, до этого же город носил имя Торн и был частью Пруссии, принадлежавшей Тевтонскому Ордену.
Вопрос об этнической принадлежности Коперника до сих пор остаётся предметом (довольно-таки бесперспективной) дискуссии[2]. Мать его была немкой[3] (Barbara Watzenrode[4]), национальность отца неясна, однако известно, что он был уроженцем Кракова. Тем самым, этнически Коперник был немцем или наполовину немцем, хотя сам он, возможно, считал себя поляком (по территориально-политической принадлежности). Писал он на латинском и немецком, ни одного документа на польском языке, написанного его рукой, не обнаружено; после ранней смерти отца он воспитывался в немецкой семье матери и дяди. Никколо Комнено Попадополи распространил недоказанную — и, по мнению современных историков, им же самим выдуманную — историю о том, что Коперник якобы записался вПадуанском университетеполяком[5]. Надо отметить, что понятие национальности в те годы было гораздо более размыто, чем в наши дни, и часть историков предлагает считать Коперника поляком и немцем одновременно[6][7].
В семье Коперника, кроме Николая, были ещё трое детей: Андрей, впоследствии каноник в Вармии, и две сестры: Барбара и Катерина. Барбара ушла в монастырь, а Катерина вышла замуж и родила пятерых детей, к которым Николай Коперник был очень привязан и заботился о них до конца своей жизни.
Потеряв 9-летним ребёнком отца и оставшись на попечении дяди по матери, каноника Лукаша Ватценроде[8], Коперник в 1491 году поступил в Краковский университет, где с одинаковым усердием изучалматематику, медицину и богословие, но особенно его привлекалаастрономия.
По окончании университета (1494) Коперник не получил никакого учёного звания, и семейный совет решил, что ему предстоит духовная карьера. Веским доводом в пользу такого выбора было то, что дядя-покровитель как раз был возведен в сан епископа.
Для продолжения образования Коперник уехал в Италию (1497) и поступил в Болонский университет. Помимо богословия, права и древних языков, он имел там возможность заниматься и астрономией. Небезынтересно отметить, что одним из профессоров в Болонье был тогдаСципион дель Ферро, с открытий которого началось возрождение европейской математики. Тем временем, благодаря стараниям дяди, в Польше Коперника заочно избрали каноником в епархии Вармии.
В 1500 году Коперник оставил университет, вновь не получив никакого диплома или звания, и уехал в Рим, В воспоминанияхРетика говорится, что Коперник преподавал в римском университете ряд дисциплин, включая астрономию, однако другие биографы подвергают этот факт сомнению[9]. Затем, после кратковременного пребывания на родине, уехал в Падуанский университет и продолжил изучение медицины.
В 1503 году Коперник, наконец, завершил своё образование, сдал вФерраре экзамены, получил диплом и учёную степень доктора канонического права. Он не спешил возвращаться и, с разрешения дяди-епископа, следующие три года занимался медициной в Падуе.
В 1506 году Коперник получил известие, возможно, надуманное, о болезни дяди. Он покинул Италию и возвратился на родину. Следующие 6 лет он провёл в епископском замкеГейльсберг, занимаясь астрономическими наблюдениями и преподаванием в Кракове. Одновременно являлся врачом, секретарём и доверенным лицом дяди Лукаша.